Στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Χειρουργική Παχέος Εντέρου – Πρωκτού», το οποίο οδηγεί στη απονομή Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών. Το πρόγραμμα έχει στόχο την παροχή υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακής εκπαίδευσης με την αξιοποίηση των γνώσεων και εμπειριών των μελών ΔΕΠ του Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, αλλά και μελών ΔΕΠ από άλλα Ιατρικά Τμήματα της ημεδαπής και αλλοδαπής, με αποδεδειγμένη εξειδίκευση στην χειρουργική του παχέος εντέρου και του πρωκτού.
Σκοπός του ΠΜΣ «χειρουργική παχέος εντέρου – πρωκτού» είναι:

• η κατάρτιση και εξειδίκευση νέων ιατρών σε ένα ευρύ πεδίο αιχμής της σύγχρονης χειρουργικής, όπως είναι η χειρουργική παχέος εντέρου και πρωκτού
• η σε βάθος, διεξοδική και βασισμένη στα πλέον σύγχρονα βιβλιογραφικά δεδομένα εκπαίδευση του νέου επιστημονικού δυναμικού
• η παροχή των απαραίτητων εφοδίων που θα οδηγήσουν στην παραγωγή νέας γνώσης από μεριάς των εκπαιδευομένων
• η δημιουργία επιστημόνων με τις απαιτούμενες δεξιότητες για επιτυχή σταδιοδρομία στον ιδιωτικό, δημόσιο και ακαδημαϊκό τομέα
• προετοιμασία για μεταπτυχιακές σπουδές διδακτορικού επιπέδου