Τα δίδακτρα για το ΠΜΣ ανέρχονται στο ποσό των δύο χιλιάδων τετρακοσίων ευρώ (2.400€). Η διαδικασία καταβολής των διδάκτρων για το ΠΜΣ γίνεται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Τα δίδακτρα χρησιμοποιούνται από το Τμήμα για τις πάσης φύσεως δαπάνες που απαιτούνται για την εκπαίδευση των Μεταπτυχιακών Φοιτητών και γενικά για τη λειτουργία του ΠΜΣ.

Τα δίδακτρα καταβάλλονται τμηματικά σε τρείς δόσεις των οκτακοσίων ευρώ (800 €) με την έναρξη κάθε εξαμήνου. Σε περίπτωση διακοπής της φοίτησης στο ΠΜΣ δεν επιστρέφεται το μέρος των διδάκτρων που έχει καταβληθεί.