Τα τέλη φοίτησης ανέρχονται στο ποσό των εφτακοσίων πενήντα (750) ευρώ, για κάθε εξάμηνο σπουδών. Η διαδικασία καταβολής των τελών φοίτησης για το ΠΜΣ γίνεται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας του Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Τα τέλη φοίτησης χρησιμοποιούνται από το Τμήμα για τις πάσης φύσης δαπάνες που απαιτούνται για την εκπαίδευση των Μεταπτυχιακών Φοιτητών και γενικά για τη λειτουργία του ΠΜΣ.
Τα τέλη φοίτησης καταβάλλονται σε δύο ισόποσες δόσεις τον Σεπτέμβριο και τον Φεβρουάριο του κάθε ακαδημαϊκού έτους. Είναι δυνατόν να καταβληθούν σε περισσότερες δόσεις ύστερα από αίτηση του μεταπτυχιακού φοιτητή και σύμφωνη γνώμη της ΣΕ.